El Tribunal Supremo ha establecido que los informes emitidos por el Ministerio de Ciencia e Innovación sobre deducciones fiscales por innovación tecnológica tiene carácter plenamente vinculante para la Agencia Estatal de Administración Tributaria (AEAT). Esta sentencia anula los fallos previos de la Audiencia Nacional que respaldaban los informes internos del Equipo de Apoyo Informático (EAI) de la AEAT. Estos informes contradecían los dictámenes del MCIN.

Aplicación del TRLIS de 2004

Las sentencias, correspondientes a los recursos de casación números 948, 1633 y 1635/2023, se centran en la aplicación del Texto Refundido de la Ley del Impuesto sobre Sociedades (TRLIS) de 2004, vigente hasta 2014. El artículo 35.4 de esta normativa permite a las empresas solicitar al MCIN un informe para la deducción fiscal por innovación tecnológica, estableciendo que dicho informe es vinculante para la Administración Tributaria en todos sus aspectos.

Carácter vinculante y límites de la AEAT

El alto tribunal enfatiza que la AEAT no puede ignorar ni refutar estos informes vinculantes mediante documentos internos como los del EAI. Según la sentencia, permitir tal contradicción equivaldría a eliminar el valor vinculante que la ley otorga a los informes del MCIN, creando inseguridad jurídica y socavando la confianza de las empresas en el sistema tributario.

Falta de independencia y competencia técnica del EAI

El Tribunal Supremo destaca que el EAI carece de independencia y autonomía funcional, y no posee los conocimientos técnicos y científicos necesarios para contradecir los informes del MCIN. Al ser una unidad interna de la AEAT, sus informes no pueden equipararse a pruebas periciales independientes ni han sido sometidos a contradicción en el proceso judicial.

La sentencia también aborda el uso de «autopruebas» por parte de la Administración. El Tribunal considera inaceptable que la AEAT genere pruebas internas para refutar un informe vinculante, especialmente cuando estas no han sido presentadas como pruebas periciales ni evaluadas en un proceso contradictorio.

Consecuencias del fallo

Como resultado, el Tribunal Supremo

• Anula las sentencias de la Audiencia Nacional que respaldaban la postura de la AEAT.
• Declara nulas las liquidaciones impugnadas que negaban las deducciones fiscales por innovación tecnológica.
• Reconoce a las empresas recurrentes el derecho a la deducción fiscal, tal y como la declararon en sus autoliquidaciones.

Implicaciones del carácter vinculante de los informes emitidos por el Ministerio de Ciencia e Innovación

Al confirmar el carácter vinculante de los informes del MCIN, se garantiza que la Administración Tributaria debe respetar íntegramente estos dictámenes, evitando interpretaciones contradictorias que puedan perjudicar a los contribuyentes.